Die Franziskaner, die bereits seit 1630 in der Stadt waren, wohnten zunächst im Spital. Wegen des Dreißigjährigen Krieges verzögerte sich der Bau des Klosters. So wurde erst ab 1660 der Konventbau begonnen und ab 1667 der Kirchenbau nach den Plänen des Mainzer und Würzburger Hofbaumeisters Antonio Petrini. Besonders sehenswert sind das vom Mainzer Erzbischof Johann Philipp von Schönborn gestiftete Hauptportal und die barocke Innengestaltung der Kirche.
Die Klosterkirche befindet sich in der Stadtmitte am Engelplatz, gegenüber dem heutigen Rathaus. Das Franziskanerkloster wurde bereits 1630 gegründet. Durch die Wirren des 30-jährigen Krieges dauerte es aber weitere 30 Jahre bis die Klosterbauten fertig gestellt waren. Erst im Jahr 1667 begann man mit dem Bau der Klosterkirche. Zunächst wurde das Langhaus errichtet und im Jahr 1687 wurde der Chor in Angriff genommen, weil erst jetzt das notwendige Grundstück erworben werden konnte. Die Baumaßnahmen wurden 1707 beendet. Die Klosterbauten wurden 1735 um einen Seitenflügel erweitert.
Die schlichte Klosterkirche (ohne Farbe und Stuck) besteht aus einem rechteckigen, einschiffigen Langhaus, das mit einer halbkreisförmigen Tonne überwölbt ist. Die Kanzel stammt von 1681. Ihr Korpus zeigt die vier Evangelisten mit den „Guten Hirten“ in der Mitte. Gekrönt wird sie mit einer Marienfigur, vom Geheimnis der unbefleckten Empfängnis (frei von aller Erbschuld), das im Jahre 1708 zum allgemeinen Kirchenfest /am 8. Dezember) erhoben wurde.
Auch die Orgel mit Emporenbrüstung (1681) ist noch von der alten Einrichtung erhalten. Im Jahr 1961 wurde sie von Fa. Vleugel aus Hardheim auf 19 Register umgebaut.
Die übrige Ausstattung ist aufgrund der Änderung des Patroziniums 1843 von „Himmelfahrt Mariens“ zur „Unbefleckten Empfängnis“ später hinzugekommen. Der Hochaltar mit vier Säulen und einer Inmaculatafigur in der Nische über den Tabernakel stammt aus dem 20. Jahrhundert. Die Seitenaltäre wurden 1962 von der Laudenbacher Kirche hierher übertragen. Die klassizistischen Beichtstühle stammen von 1820.
Das bemerkenswerte Hauptportal wurde vom Würzburger Fürstbischofs Johann Philipp von Schönborn gespendet. Sein Wappen ziert das Portal und in den Nischen über den Giebel finden sich die Figuren von Maria, dem heiligen Franz von Assisi und Antonius von Padua.
Die Franziskanerkirche genoss bei den Miltenberger Katholiken eine besondere Wertschätzung, die mit den Franziskanern und dem letzten Franziskanerpater Saturnin Pauleser OFM zusammen hing, der 2006 verstarb.
